Постсоветский период
На начало 1992 года строительные работы велись на 14 станциях или участках, примыкающих к ним. Это шесть станций Приморского радиуса («Адмиралтейская», «Спортивная», «Чкаловская», «Крестовский остров», «Старая Деревня», «Комендантский проспект»), две станции на Правобережной линии («Спасская» и тоннели к «Народной»), станция «Парнас» и депо «Выборгское» на Московско-Петроградской линии, и пять станций Фрунзенского радиуса («Звенигородская», «Обводный канал», «Волковская», «Бухарестская», «Международная»). Таким образом, учитывая среднее время возведения станции метро в Ленинграде, равное 5–6 годам, можно предположить, что при достаточном финансировании все работы на упомянутых станциях должны были быть завершены не позднее 1997 года, что было бы рекордом в истории строительства Петербургского метрополитена.
В 1994 году планировалось построить за 10 лет гораздо больше и практически «удвоить» метро, построив 3 новых линии и 61 новую станцию, но открылось в 10 раз меньше – только 6 станций. Для постройки метро стали применяться механизмы спонсорства.
Осенью 2006 года усилились противоречия между руководством метрополитена и машинистами поездов, что привело к серьёзным демонстрациям и чуть не закончилось забастовкой[7]. В настоящее время эти противоречия заметно смягчены, но не исчезли.